中心实行管理委员会领导下的主任负责制，管理委员会是中心的领导机构，浙江农林大学校党委书记朱斌担任主任，校长吴家胜、副校长孙庆丰担任副主任，共9名成员组成，每届任期5年，可连任，负责统筹中心的组织管理和重大决策。

技术委员会是中心的技术指导和咨询机构，由5位中国工程院院士领衔的木质资源定向培育与综合利用相关领域的17名顶尖同行专家组成。主要职责包括：审议中心建设目标、技术方向、重大议题、发展规划与年度工作计划、评估技术水平和科技成果。技术委员会每年召开一次会议，对中心的技术工作进行指导和评审。